Em entrevista coletiva nesta tarde de 07/07/2016, Eduardo Cunha, afastado pelo Supremo Tribunal Federal desde 05 de maio de 2016 do cargo de presidente, comunicou sua renúncia ao cargo.
Cunha foi denunciado ao Conselho de Ética e Decoro Parlamentar em outubro de 2015 por ter mentido a CPI da Petrobrás e ter recebido propina de 5 milhões de dólares. Padre João e mais de 50 parlamentares assinaram a petição que pedia a cassação dele. É o processo mais longo da história no Conselho. Somente dia 14/06/2016, o Conselho votou e decidiu pela cassação, por 11 votos a favor e nove contra. Mesmo assim, Cunha recorreu à Comissão de Constituição e Justiça, e o relator do processo acolheu parcialmente o pedido da defesa de Cunha, e o parecer é pela nulidade da votação no conselho de ética.
Padre João por diversas vezes subiu à tribuna da Câmara para pedir o afastamento de Cunha. “Não tem condições morais e éticas para presidir a casa. Mentiu na CPI da Petrobrás dizendo que não tinha contas no exterior. De repente, o Ministério Público da Suíça comprova que ele e a família têm contas secretas, dinheiro escondido em paraísos fiscais. Nas delações premiadas, foi denunciado com receptador de propina de 52 milhões de reais. Um corrupto e criminoso mandando no País. Fez um estrago enorme. Prejudicou e retirou direitos do povo brasileiro com seu conservadorismo. Chega de retrocesso. O impeachment da presidenta Dilma é golpe e vingança política de Cunha. Difícil aceitar e entender a demora do Judiciário em tomar providências,” afirmou Padre João.
Cunha é réu em dois processos no STF e aparece como parte em 22 ações na corte. Com sua renúncia, será feita nova eleição para a mesa diretora da Câmara para cumprir o curto período até fevereiro de 2017.